Majoritatea vizitatorilor din Insulele Galapagos isi petrec intreaga vacanta pe un vas de croaziera, putini sunt cei aleg sa innopteze intr-unul din hotelurile de aici, unde preturile sunt mult mai ridicate decat in Ecuador, pretul unui camere fiind cel putin dublu in arhipelag decat cel al unei camere dintr-un hotel din Quito sau Otavalo. Insa, se gasesc si hoteluri ce ofera camera a caror pret incepe de la 20 $/noapte pentru o persoana.
Doar patru insule dispun de structuri de primire cu functiuni de cazare: insula Santa Cruz, cu Puerto Ayora, unde se remarca Hotel Bay Suites****, cu 12 apartemente moderne puse la dispozitia turistilor si cu preturi incepand de la 145 $/noapte, Vila Laguna****, cu preturi pornind de la 54 $/persoana, Hotel Verde Azul**, cu 34 $/persoana; insula San Cristobal, cu Puerto Baquerizo Moreno: Hotel Miconia***, cu 68 $/persoana, Hotel Pimampiro** cu preturi incepand de la 35 $/noapte etc.; insula Isabela cu orasul Puerto Villamil, unde hotelurile sunt ori foarte scumpe, ori ieftine: Hotel Iguana Crossing*****, unde preturile incep de la 135 $/persoana, Hotel La Iguana*** (46 $/persoana), Hotel San Vicente**, cu preturi de la 38 $/persoana etc.; si insula Floreana, cu orasul Puerto Velasco Ibarra, unde posibilitatea de cazare se limiteaza doar la Hanul Red Mangrove***, ce pune la dispozitia turisilor 10 cabane independente si cu preturi incepand de la 85 $/persoana.