Aeroportul Khartoum este principalul punct de acces in oras. Acesta este deservit de numeroase linii aeriene, precum British Airways, Egypt Air, Emirates, Ethiopian Airlines, Gulf Air, Kenya Airlines, KLM, Lufthansa, Qatar Airways si Turkish Airlines. Acestea efectueaza zboruri catre Khartoum din Londra, Cairo, Dubai, Addis Ababa, Bahrain, Nairobi, Amsterdam, Frankfurt, Doha si Istanbul. Aeroportul este situat in apropierea orasului, in Al-Amarat. Un taxi de la aeroport catre oras va costa intre 5 si 15 SDG. Puteti ajunge si cu autobuzul in Khartoum, din Port Sudan, Wad Medani, Kassala sau El-Obeid. Cu trenul puteti veni in Khartoum din Wadi Halfa sau Port Sudan via Atbara. Gara din Khartoum se afla in nord, in Bahri.