Pe raul Tom, la sud vest de orasul Seversk, se gaseste unul dintre cele mai vechi orase din Siberia, Tomsk. Acesta dateaza din anul 1604, fiind declarat oras de tarul Rusiei din acea perioada, Boris Godunov.

In anul 1600, Rusia trecea printr-o perioada grea, fiind angrenata intr-un conflict major, cu tatarii. Tarul a decis sa construiasca o fortareata pe malul raului Tom, pentru a-i impiedica pe acestia sa treaca mai departe de ea. Cetatea era pozitionata pe locul cunoscut acum sub numele de Dealul Invierii. Astfel, i-a trimis pe Pisemsky Gavriil si pe Vasile Tyrkov sa gaseasca un loc unde sa construiasca cetatea. La inceputul secolului al XVIII-lea, tarul Rusiei a hotarat sa numeasca orasul Tomsk resedinta pentru mai multe asezari din zona, incluzand asezarile Kemerovo, Krasnoyarsk si Novosibirsk, precum si pentru intreaga regiune Kazahstan. De atunci, Tomsk a inceput sa se dezvolte rapid, devenind treptat unul din cele mai importante orase din tara.

In anul 1830, in apropiere de oras, minerii au descoperit zacaminte de aur, majoritatea localnicilor castigandu-si existenta din extractia minereului pretios. La mijlocul secolului al XIX-lea, mai mult de jumatate din locuitorii orasului au fost exilati, insa cei care a ramas au continuat sa munceasca in mine.

Spre sfarsitul secolului, acesta deja devenise unul dintre cele mai importante orase din zona, aici infiintadu-se Universitatea de Stat Tomsk si Facultatea Politehnica. In al Doilea Razboi Mondial, mai mult de jumatate din tineretul de aici erau studenti, Tomsk fiind denumita Atena Siberiana. Acesta si-a castigat numele si cu ajutorul Miscarii Albe care s-a fondat aici, in timpul Revolutiei din Octombrie, condusa de Maria Bochkareva si Anatoli Pepelyayev. In timpul Uniunii Sovietice, Tomsk a devenit centru cultural si administrativ important din Rusia.

Orasul este impartit in patru cartiere: Sovetsky, luandu-si numele de la sovietici, Leninsky, in memoria lui Vladimir Ilici Lenin, Kirovsky, dupa revolutionarul cu acelasi nume si Oktyabrsky, de la Marea Revolutie din Octombrie.

Cele mai admirate obiective din regiune sunt: Gradina Botanica, Muzeul de Arheologie, statuia memoriala a lui Anton Cehov, Muzeul de Studii Regionale, Sala cu Orga a Filarmonicii, Institutul de Fizica si de Rezistenta a Materialelor, Universitatea Pedagogica de Stat si Institutul de Afaceri Tomsk. De-a lungul timpului, aici au trait numeroase personalitati, precum: revolutionarul Serghei Kirov (pentru care exista acum o casa memoriala), muzicianul Edison Denisov, maresalul Uniunii Sovietice Leonid Govorov, poetul Nikolai Kliuev, scriitorul Vladimir Korolenko, Mihail Mil, constructor de elicoptere, actorul Piotr Sobolevsky, inginerul Nikolay Kamov si dramaturgul Nikolai Erdman.