Windhoek este deservit de doua aeroporturi. Cel mai apropiat este Aeroportul Eros, situat la 7 km sud de centrul orasului si dedicat navelor mai mici. Aeroportul International Hosea Kutako este situat la 45 km est de oras. Numeroase companii straine opereaza la si de la Windhoek. Aeroportul International Hosea Kutako se ocupa de peste 400.000 de pasageri pe an. Alte aeroporturi internationale sunt situate in Walvis Bay si Luderitz.

In cele doua aeroporturi exista mai multe companii internationale mari, care ofera inchirieri de autorurisme.