Muzeul de Istorie Naturala din Heraklion se afla in apropierea portului si activeaza sub auspiciul Universitatii din Creta datand inca din anul 1981. Scopul muzeului este acela de a promova studierea si protectia florei si faunei din regiunea est-mediteraneana. Inca de la fondare s-au facut incercarea de marire si imbogatire a colectiilor si s-au organizat o serie de expozitii si programe educationale pentru vizitatori. In total, muzeul are cinci departamente delimitate: zoologie, botanica, antropologie, geologie si minerologie.

Pe langa colectia de flora si fauna din regiunea est-mediteraneana, in muzeu sunt pastrate o serie de exponate unice in lume. Cel mai impresionant este scheletul unui Dinoterium giganterium, unul din cele mai mari mamifere din cate au existat, inrudit cu elefantul. Cand ramasitele au fost gasite, animalul avea toti dintii si un fildes cu o lungime record de un metru jumatate. O alta atractie speciala a muzeului o reprezinta simulatorul seismic, care permite vizitatorilor sa experimenteze senzatiile unui cutremur, intr-un mediu sigur. Aparatul poate simula un cutremure de pana la 6 grade pe scara Richter. Dupa simulare, vizitatorii sunt informati si despre practicile si masurile ce trebuie luate in cazul unui seism normal. Alte colectii de fosile, plante si ramasite ale unor specii de animale rare sau disparute sunt puse la dispozitia vizitatorilor.