Muzeul de Arheologie a fost fondat in Templul lui Augustus in anul 1802 de catre maresalul Marmont, desi baza colectiei de exponate o formeaza obiectele descoperite in secolul XX in Nesactium. Muzeul a fost deschis in 1930 si tot atunci a fost publicat si un ghid in limba italiana. Exponatele expuse initial in acest muzeu, au fost prezentate publicului pana la sfarsitul celui de-al Doilea Razboi Mondial, cand mai multe obiecte au fost transferate in Italia in timpul administrarii anglo-americane.

Dupa unele modificari, muzeul a fost redeschis in 1949 ca Muzeul de Arheologie din Istria.