Muzeul de Arheologie este cel mai remarcabil muzeu de pe insula. Este situat in apropierea portului comercial din Mykonos, foarte aproape de locul unde autocarul pus la dispozitie in cadrul liniei de croaziera te lasa cand te deplasezi din port pana in orasul Mykonos. Muzeul a fost ridicat in anul 1902 pentru a adaposti si a prezerva vestigiile recuperate din „Pestera de Purificare” ce dateaza din 426-425 i. Hr. Acest sit arheologic a fost descoperit in anul 1898 pe pitoreasca insulita Rheneia, de catre renumitul savant D. Stavropoulos.

Trasaturile arhitecturale elegante ale muzeului au fost proiectate de catre cunoscutul arhitect Alexandros Lykakis. Costul construirii cladirii care gazduieste muzeul a fost suportat de Ministrul Educatiei in colaborare cu Societatea Arheologica din Atena. Terenul pentru demararea proiectului a fost pus la dispozitie de catre Municipalitatea Mykonos. Edificiul muzeului este deosebit datorita caracteristicilor sale neoclasice. Spatioasa camera din partea de est a muzeului a fost construita in anul 1972 pentru a face loc la alte numeroase relicve istorice si vestigii ale trecutului. In interiorul muzeului poti vedea diferite artefacte din Mykonos, Delos si insula vecina Rheneia: sculpturi, vase, statuete din lut, bijuterii, cupe din cupru, vesela, vaze antice si pietre funerare. Sunt expuse in muzeu nenumarate vase cu forme complicate, unele dintre ele datand din vremuri preistorice.

Colectia de vaze ce apartine perioadei elenistice este de asemenea remarcabila. Cea mai importanta comoara si una dintre principalele atractii ale muzeului este cu siguranta o vaza din lut datand din secolul al VII-lea i. Hr. Motivul pentru care este atat de speciala este faptul ca reprezinta cea mai veche inregistrare grafica a Calului Troian. De asemenea, pe acest „pithos” sunt infatisate cu maestrie artistica scene din Capturarea Troiei. Pithos-ul descrie caderea armatei din Troia din pricina celebrului Cal de Lemn, corpul vasului fiind acoperit si de tablouri ce portretizeaza soldati inarmati atacand femei si copii nevinovati. Aici se afla si masiva amfora arhaica decorata cu forme complicate, o importanta deosebita avand-o statuia unui sfinx de pe gatul amforei si capul unui cal de pe corpul acesteia.

Stela Funerara a lui Glykon este una dintre cele mai importante si mai nepretuite pietre funerare recuperate, fiind descoperita in mod accidental in mare. Monumentul infatiseaza persoana decedata stand pe pietre, trist si ganditor, privind pierdut spre prova navei din departare. Pe soclu este o inscriptie ce spune astfel: „Glykon, fiu virtuos al lui Protogenis, ramas bun”.

In afara de Stela Funerara a lui Glykon, din colectia de pietre funerare a muzeului face parte si Stela Funerara a Tertiei Horaria. Femeia decedata este vazuta stand jos si intinzandu-si mana, in semn de despartire, catre sotul ei care este pozitionat chiar in fata ei. Exista de asemnea si imaginea unui copil sclav ce tine in maini cufarul cu bijuterii a doamnei sale raposate. Acest monument a fost pozitionat deasupra unui sarcofag din marmura, din renumitul cimitir elenistic aflat in Rheneia, pe care se afla scrisa inscriptia „Tertia Horaria”. Cercetatorii cred ca apartine secolului al II-lea i. Hr.

Muzeul adaposteste si o statuie din Rheneia a lui Heracles. Aceast nepretuit vestigiu a fost gasit in anul 1899 in interiorul unui sanctuar protector al lui Heracles. Viteazul barbat este infatisat nud, tinand in mana stanga o bata si o piele de leu. Aceasta statuie exceptionala este realizata din cea mai buna varietate de Paros si se crede ca apartine, ca multe alte artefacte din muzeu, secolului al II-lea i. Hr.

Intrarea in muzeu se face pe baza unei taxe de 2 € (taxa redusa este de 1 €), iar pentru persoanele sub 18 intrarea este gratuita. Sunt de asemenea unele zile in care intrarea este libera pentru toti vizitatorii, de exemplu Duminica intre 1 Noiembrie si 31 Martie. In rest muzeul este deschis publicului din Octombrie pana in Martie intre orele 08:30-15:00, de Marti pana Duminica. Lunea fiind sarbatoare, acesta este inchis.