Muzeul a fost creat in anul 1918 ca muzeu de arheologie si arta generala, cu scopul de a preveni dispersarea patrimoniului local, detinut pana la acel moment de institutii private.

In anul 1980, muzeul a fost redefinit ca institutie stiintifico-culturala ce are ca scop desfasurarea unor activitati de sprijin in cercetarea de baza, muzeologie, educatie, cultura si protectia si conservarea arheologiei regionale.

Noul muzeu arheologic gazduieste o colectie de fragmente din perioada de constituire a orasului Braga. Cele patru incaperi contin piese din perioada Paleolitica (varfuri de sageata, obiecte funerare si ceramica), din zilele ocupatiei romane (pe vremea aceea, Braga era cunoscuta ca Bracara Augusta) pana in perioada dominatiei vizigote (intre secolele V si VII).

Cele mai interesante piese sunt uriasele pietre de marcaj, gravate cu inscriptii romane, care marcau drumurile romane. Exista, de asemenea, o sectiune de podele cu mozaicuri recuperate de la un sit local care dateaza din secolul I.

Designul arhitectural al cladirii muzeului este realizat de Carlos Guimaraes si Luis Soares Carneiro. Astfel, cladirea este compusa din trei corpuri: unul este destinat serviciilor si sectorului tehnic, unul este cafeneaua, iar al treilea este zona destinata publicului. Sectorul tehnic cuprinde un laborator de restaurare si alte sectoare legate de studierea colectiilor din muzeu, dar si din alte muzee din regiune. Suprafata destinata vizitei publicului contine spatiile de expunere a colectiilor, o sala de conferinte, magazinul de suveniruri, biblioteca si o zona de servicii educationale. De asemenea, muzeul are spatii amenajate in aer liber unde vizitatorii au acces liber.