Merida este deservit de Manuel Crescencio Rejón International Airport cu servicii din si catre marile orase din Mexic (DF, Monterrey, Villahermosa, Cancun, Guadalajara, Tuxtla Gutierrez, Toluca), orase internationale (Miami, Houston, La Havana), oferind, de asemenea, servicii de zbor spre si dinspre Europa si Canada.