Feroviar este, probabil, cel mai convenabil mod de a calatori in Japonia, desi exista si autobuze inter-city. Deoarece statiile de cale ferata sunt de obicei convenabil situate in centrul orasului, este de preferat sa luati un tren, decat sa apelati la un alt mijloc de transport.

Japonia are o retea de autostrazi bine conectate care leaga regiunile majore. Cu toate acestea, taxele de autostrada sunt foarte mari si exista blocaje in trafic majore in timpul sezoanelor de vacanta. Este important sa stiti ca in functie de conditiile meteo - ploaie si zapada – traficul rutier se poate inchide. Vizitatorii din alte tari trebuie sa aiba un permis international, in scopul de a angaja si conduce o masina in Japonia. Varsta minima pentru conducerea unui automobil este de 18 ani, si este recomandabil sa luati o asigurare auto. Limitele de viteza variaza considerabil.

Exista numeroase companii de inchiriere de masini in Japonia. Printre acestea se afla Hertz, Toyota Rent-A-Car si Nippon Rent-A-Car.

Taxiurile pot fi costisitoare, in special la orele de varf (7 - 9 si 17 -18). Soferii de taxi sunt profesionisti, dar tind sa nu vorbeasca limba engleza, de aceea este recomandabil ca turistii sa aiba destinatia scrisa in japoneza, impreuna cu numele unui reper din apropiere.

Ciclismul este un mod placut de a va bucura de explorarea Japoniei, si de multe ori mai rapid decat utilizarea transportului public. Inchirierea de biciclete este disponibila in toate marile orase, in special a celor cu atractii majore turistice, cum ar fi Tokyo, Kamakura, Kyoto, Nara si Hiroshima. Centrele locale de informare turistica pot oferi detalii.

Exista servicii de autocar intre toate principalele regiuni si orase din Japonia. Acestea asigura un mod ieftin de a calatori. JR Bus Kanto opereaza servicii de transport cu autocarul intre Osaka si Tokyo. JR Tokai executa servicii de transport cu autocarul intre Osaka, Kyoto, Nagoya si multe alte orase. JR Chugoku opereaza servicii de la Hiroshima si Okayama la Osaka. Willer Express are servicii de la Osaka la Sendai, in nordul Japoniei, precum si la Hiroshima in partea de vest si Nagasaki in partea de sud.