Fiind o tara insulara, in Japonia este recomandat sa se vina pe calea aerului. Exista trei principale aeroporturi internationale in Japonia. NRT, aeroportul New Tokyo International, situat in Chiba, la aproximativ o ora de Tokyo; Aeroportul KIX Kansai International situat in Osaka Bay si Aeroportul International ONG Nagoya din Ise Bay, la sud de Nagoya.
All Nippon Airways (ANA) si Japan Airlines (JAL) mentin o retea extinsa de zboruri care acopera Japonia si insulele sale. Exista cateva companii aeriene care se adreseaza calatorilor pe buget, cum ar fi Skymark, Air Do,, Solaseed, IBEX Airways si Starflyer.
Tokyo este deservit de doua aeroporturi, Haneda (HND), care are atat zboruri interne cat si internationale, si Narita (NRT), pentru zborurile internationale.