In interiorul tarii puteti circula cu trenul. Caile ferate din Honduras au fost construite in 1880, in partea de nord, Valle de Sula. Acestea au fost extinse catre capitala Tegucigalpa sau catre coasta Pacificului. Sub conducerea Companiei Cailor Ferate din Honduras, in tara opereaza trei segmente de cale ferata: San Pedro Sula-Puerto Cortes (50 km), La Ceiba (3 km), care este o linie ce transporta pasagerii din oras in suburbii, La Union-Parcul National Cuero y Salado (9 km), folosita pentru a transporta nuci de cocos la locul de procesare si pentru transportul turistilor in parcul national.

O cursa dus-intors cu feribotul din La Ceiba catre Insulele Bay, Roatan si Utila, la clasa I, costa 53 de dolari, iar una la clasa a II-a costa 43 de dolari. Ambele clase sunt confortabile si ofera facilitati precum aer conditionat si televizoare. O cursa dus dureaza aproximativ o ora si jumatate. Exista si feriboturi care merg doar pana la Utila, iar o cursa cu acestea costa 30 de dolari si dureaza o ora.