Datorita faptului ca arhipelagul este situat la o distanta de aproximativ 1.000 km de coasta de vest a Ecuadorului, majoritatea turistilor aleg sa calatoreasca cu avionul, cu plecare din aeroportul orasului Quito sau din Guayaquil. Cele mai multe curse ce pornesc din Quito, fac o escala si in Guayaquil, avand ca baza de aterizare aeroportul din insula Baltra, recent renovat pentru a gazdui avioane de dimensiuni mai mari si amplasat la o distanta parcursa cu ferry-boat-ul sau cu masina in doar doua ore de Puerto Ayora, cel mai mare oras al arhipelagului, situat in centrul insulei Santa Cruz. Exista deasemenea si zbori zilnice catre insula San Cristobal, aeroportul fiind situat la 20 de minute de centrul orasului Puerto Baquerizo Moreno.

Pretul calatoriilor variaza in functie de companie (Aerogal, Tame si LAN Airlines), astfel incat pentru pasagerii straini pretul unui bilet din Quito catre Galapagos incepe de la 457 $/persoana dus-intors si poate ajunge pana la 512 $/persoana dus-intors in perioada de varf turistic, in timp ce zborurile cu plecare din Guayaquil costa mai putin, pretul unui bilet incepand de la 419 $/persoana dus-intors. Si in insula Isabela exista un aeroport, dar de dimensiuni reduse, pretul unei calatorii spre Ecuador fiind de 160 – 170 $/persoana, sau de 260 $/persoana pentru o calatorie dus-intors.