Inca din secolul al XII-lea, in jurul orasului au existat mai multe ziduri de aparare. Unele elemente de zid dateaza probabil inca de la intemeierea orasului, aproximativ 1125, desi prima cladire este inregistrata in mijlocul secolului al-XV-lea, atunci cand a fost construit Zidul Regelui. In secolul al XVI-lea a fost ridicat Flodden Wall, dupa infrangerea scotienilor in batalia de la Flodden Field in anul 1513. Flodden Wall a fost prelungit cu Telfer Wall in secolul al XVII-lea.

Zidurile nu s-au dovedit foarte eficace, structurile defensive fiind depasite in mai multe ocazii. Ele au servit mai mult ca un mijloc de a controla comertul cu bunuri si impozitarea si ca un factor de descurajare pentru traficanti. De-a lungul istoriei, zidurile orasului au servit mai mult ca o bariera in calea comertului decat ca aparare.

Edinburgh a fost numit oficial oras regal de regele David I al Scotiei in jurul anului 1125. Acest lucru a adus orasului privilegiul de a detine o piata si capacitatea de a strange bani prin impozitarea marfurilor care intrau in oras pentru a fi vandute

Inregistrarile timpurii vorbesc despre o poarta de vest in 1180, o poarta de sud in 1214, si poarta Netherbow in 1369. In 1362 Turnul Wellhouse a fost construit sub zidul de nord al castelului, pentru a proteja aprovizionarea castelului cu apa, precum si pentru a respinge atacurile dinspre Nor Loch.