Potrivit documentelor, acest colegiu a luat nastere din fuziunea dintre Colegiul National Pedagogic “Gheorghe Sincai” si Scoala Normala (Pedagogic). Pentru a ajunge colegiu, cele doua institutii au trecut prin numeroase schimbari. Scoala Normala (Pedagogic) a fost o institutie de invatamant unde doar fetele erau admise, aceasta numindu-se Scoala “Sfanta Ecaterina”.

Aceste institutii au functionat in perioada 1929-1948, fiind cele mai vechi unitati de invatamant din judetul Alba. Celalalt liceu era de baieti si se numea Liceul de baieti “Sfantul Vasile cel Mare”. Ambele au fost desfiintate in anul 1948, insa exista o singura institutie functionala in acea perioada, mai exact Scoala Normala de fete. In anul 1959 s-a infiintat si o scoala mixta, numita Liceul “Iacob Muresianu”, ce avea sa devina in anul 1994 Liceul Pedagogic “Gheorghe Sincai”.

In anul 1998 se produce fuziunea ce este amintita mai sus si se formeaza Colegiul “Inochentie Micu Clain”, care in anul 1999 primeste statutul de Colegiu National. Intemeietorii acestui colegiu, mai exact a celor doua scoli ce l-au format, sunt locuitorii zonei, ce au ales sa contribuie cu bani pentru realizarea acestor obiective. De aceea aceasta institutie mai este cunoscuta si sub numele de “Institutul Recunostiintei”.