Cea mai mare atractie a universitatii o reprezinta, cu siguranta, vechea Biblioteca Joanina, aflata in spatele aripii din dreapta. Constructia sa a inceput in 1717, pe locul fostei inchisori a palatului regal, in scopul de a adaposti biblioteca Universitatii din Coimbra, si a fost finalizata in 1728. Constructorul sef a fost Ioan Carvalho Ferreira. Decorurile pictate au fost definitivate numai cu cativa ani in urma, in era reformelor lui Pombali: frescele de pe plafoane si cornisa au fost executate de Antonio Simoes Ribeiro si Nunes Vicente. Marele portret al regelui este atribuit italianului Duprà Domenico si pictura si aurirea rafturilor a fost realizata de Manuel da Silva. Mobila din lemn exotic brazilian si estic, a fost executat de catre gravorul Francesco Gualdini.

Exteriorul se aseamana cu un paralelipiped de dimensiuni mari, care subliniaza nobilul portal in stil baroc, fiind impodobit de scutul national al monarhului care l-a construit - Ioan al V-lea.

Biblioteca a fost daruita Coimbrei in 1724, de catre Joao V si consta in trei sali bogat decorate in stil baroc Admirati pictura trompe l`oeil, care va va duce privirea spre portretul lui Joao V, amplasat in ultima camera. Somptuoasele decoratiuni aurile si in vernis sunt puternic influentate de tehnicile si stilul decorativ chinez.

Biblioteca Joanina depaseste cu usurinta toate celelalte cladiri datorita purei incantari vizuale. Trei sali inalte si interconectate ofera decorul de biblioteca cel mai luxos din lume gratie picturilor in perspectiva ale tavanelor si rafturilor pentru carti sculptate si pictate intr-un mod complicat, incarcate cu subtile motive de influenta chineza. Coloane conice si sculptate sustin rafturi pe care stau aproximativ 30.000 de volume si 5.000 de manuscrise, la etajele superioare putandu-se ajunge cu ajutorul scarilor. Picturile alegorice ale ultimei si celei mai somptuoase sali il cinstesc pe Dom Joao al V-lea, fondatorul bibliotecii. O statuie a barbatului corpolent se afla afara, cu spatele intors privelistii catre oras, de care te poti bucura de la terasa de pe esplanada.

Spatiul este accesibil nu numai celor insetati de noi cunostinte si de cercetare, aici organizandu-se si concerte, expozitii sau alte evenimente culturale.