Papa Grigore al IX-lea a scris doua scrisori consecutive, in ianuarie 1235, care par sa se refere la fondarea acestei manastiri.

Prima era adresata unui numar de cetateni din Perugia, care devenisera recent membri ai manastirii San Salvatore de pe Monte Acuto si care doreau sa isi foloseasca averile pentru a construi o manastire de maici.

A doua scrisoare era adresata unui grup de doamne nobile din Perugia, care doreau sa construiasca o manastire cisterciana in Perugia in cinstea Sf Elisabeta a Ungariei.

O a treia scrisoare a Papei Grigore al IX-lea, scrisa sase luni mai tarziu, se adresa unui grup de 11 femei din Perugia, anuntandu-le ca monahii de la San Salvatore le-a dat biserica Santa Giuliana de pe Monte Acuto si confirmand transferul.

Din aceste informatii sumare nu este posibila reconstruirea istoriei timpurii a manastirii. O posibilitate este ca manastire cu hramul Sf Elisabeta, care a fost probabil in Perugia pe locul actualei Santa Giuliana, sa nu fi fost imediat construita. Maicile s-ar putea, prin urmare, sa se fi mutat in Santa Giuliana pe Monte Acuto.

In 1248, o doamna numita Benvenuta di Cilino di Assisi, a lasat o mostenire maicilor din Santa Giuliana, care a fost incorporata unui complex de manastiri din Perugia: Santa Caterina, mai tarziu Santa Caterina Vecchia, Sant 'Angelo di Arenaria, aproape de Cenerente, aproximativ 4 km dincolo de Porta Sant' Angelo, care mai tarziu a devenit San Francesco delle Donne, Santa Maria di Monteluce si Santa Margherita. Acest fapt sugereaza ca, in acel timp, Santa Giuliana exista in Perugia, ocupand probabil locatia actuala.

Existenta acestei manastiri de calugarite vine brusc in centrul atentiei in 1253, cand Papa Inocentiu al IV-lea a scris o serie de scrisori care punea manastirea sub protectia papala.

Santa Giuliana a atras patronajul nobililor din Perugia, care apreciau manastirea ca o casa pentru fiicele lor, si a devenit una dintre cele mai bogate si mai puternice manastiri din Umbria. In anul 1376, stareta, Gabriella Bontempi obtinut relicva a unui fragment al capului Sf. Iuliana di Nicomidia din San Domenico. Manastirea a devenit notorie in secolul XV, datorita comportamentului scandalos al maicilor, dintre care multe erau plaseate acolo de catre familie, fara a avea o vocatie religioasa.

Biserica a fost de-a lungul timpului remodelata si reconsacrata de doua ori; in 1595, de catre Episcopul Napoleone Comitoli si in 1750, de catre Episcopul Francesco Riccardo Ferniani.

Manastirea de calugarite a fost dezafectata in perioada napoleoniana, cand biserica a fost folosita ca depozit de cereale. Aceasta a fost ulterior redeschisa pana in aproximativ 1862, cand maicile s-au mutat la Santa Maria di Monteluce. Manastirea a devenit apoi spital militar, si a ramas in proprietatea militara.

Obiecte descoperite prin excavarea, in 1932 - 1935, unui numar de morminte etrusce din secolul al IV-lea, sunt expuse in Museo Archeologico.

Biserica a fost redeschisa in 1937 si este acum deschisa pentru slujba in fiecare duminica dimineata. Fatada sa minunata din secolul XIV si clopotnita gotica au fost minutios restaurate.

Interiorul are o forma dreptunghiulara, un arc de triumf mare si un altar dublu care separa corul maicilor de spatiul pentru adunare.

Biserica este impodobita cu numeroase fresce si lucrari din secolele XIII – XIV, printre care se numara Cina cea de Taina (cca. 1270), Incoronarea Maicii Domnului (Marzolini, sfarsitul secolului al XIII-lea) sau Madonna del Latte.