Manastirea Santa Clara a fost construita in secolul XIV pe malul stang al raului Mondego, dar a trebuit sa fie abandonata in secolul XVII ca urmare a inundatiilor frecvente. Ruinele bine pastrate ale manastirii gotice au fost excavate in secolul al XX-lea, la mai mult de 300 de ani dupa ce a fost abandonata de maici. Biserica a fost recent redeschisa pentru public, dupa 12 ani de restaurare.

Manastirea Santa Clara (Saint Claire) din Coimbra a fost infiintata in 1280 de Dias Mor ca o casa feminina a ordinului clariselor. Aceasta manastire a fost dizolvata la inceputul anului 1311, dar in 1314 a fost refondata de regina Elisabeta, sotia regelui Dinis I. Regina Elisabeta a fost admirata pentru natura ei pioasa si caritabila, si faima ei a dus la canonizarea sa in 1626. Palatul reginei, din care doar ruinele au ramas, a fost localizat in apropierea manastirii.

Lucrarile sponsorizate de Regina au inceput in 1316 pe locul fundatiei precedente si in urma efectuarii acestora a rezultat ansamblul care exista si astazi. Primul arhitect asociat cu manastirea a fost Domingos Domingues, care a lucrat la manastirea Alcobaca. Munca sa a fost continuata dupa 1326 de catre Estevao Domingues, care a lucrat la Catedrala din Lisabona. Biserica a fost sfintita in 1330 si poarta influenta cladirii din Alcobaca in ceea ce priveste planul suprafetei si alte detalii arhitecturale. Regina Elizabeth a murit in 1336 si a fost inmormantata in manastire intr-un foarte frumos mormant gotic. O mare manastire a fost construita in partea de sud a bisericii in secolul al XIV-lea.

In anul 1331 manastirea si biserica au fost inundate de raul Mondego, care curge in apropiere. Locul ales pentru fundatie s-a dovedit a fi inadecvat, deoarece manastirea a fost in mod repetat invadata de apele raului de-a lungul secolelor urmatoare. Surorile din manastire au incercat sa ridice nivelul de jos al cladirilor monahale pentru a reduce daunele provocate de inundatii. In ciuda acestor probleme, manastirea a fost frecvent imbogatita prin donatii. La inceputul secolului al XVI-lea, sub regele Manuel I, biserica a fost decorata cu gresie Sevilia si piese de altar pictate. In jurul anului 1612 maicile au construit un trotuar ridicat pana la jumatate din inaltimea acoperisului, pentru a evita inundatiile frecvente. In cele din urma, in 1647, cand viata in manastire devenise imposibila din cauza inundatiilor, regele Ioan IV-a ordonat maicilor sa paraseasca manastirea. Ultimele maici au parasit ansamblul, in 1677, cand o manastire noua, Santa Clara-a-Nova, a fost construita pe un deal din apropiere. Mormintele gotice ale Reginei Elisabeta si ale altor printese au fost transferate in noua cladire.

In decursul trecerii timpului vechea manastire a cazut in ruine si s-a scufundat partial in noroiul adus de raul Mondego. Importanta sa istorica si arhitecturala a condus la declararea acesteia monument national in 1910, iar unele lucrari de conservare au fost realizate in prima jumatate a secolului XX. Dupa 1995, o expeditie arheologica a Instituto Portugues do Patrimonio Arquitectonico a scos noroiul si apa din ruinele manastirii, care s-au dovedit a fi intr-o stare remarcabila de conservare. Sapaturile au permis recuperarea unui numar mare de fragmente arhitecturale si decorative si o mai buna intelegere a planului manastirii.

Planul spatiului bisericii manastirii Santa Clara releva influenta manastirii Alcobaca. Naosul bisericii are trei nave si este complet acoperit cu bolte de piatra, ceva rar in constructiile monahale ale calugarilor cersetori din Portugalia, care foloseau de obicei acoperisuri din lemn pentru naos. Naosul are doua parti, una pentru accesul public si alta rezervata pentru maici, separate de un perete despartitor. Absida bisericii are trei capele , de forma poligonala, capela centrala fiind cea mai mare. Capela centrala si-a pierdut acoperisul de piatra si este luminata de trei ferestre.

De-a lungul secolelor manastirea si biserica au fost decorate cu opere de arta religioase. Manastirea Santa Clara-a-Nova, in care maicile au fost mutate in secolul al XVII-lea, adaposteste trei morminte gotice, care au fost, de asemenea, mutate de la Santa Clara-a-Velha, inclusiv cel al reginei Elisabeta. Mormantul acesteia, datat in 1330, este o lucrare a sculptorului aragonez Mestre Pero.

Multe operele de arta din patrimoniul manastirii sunt acum in muzeul Machado Castro in Coimbra.