Manastirea Santa Clara-a-Nova (Convento de Santa Clara-a-Nova) a fost construita pentru a inlocui manastirea medievala Santa Clara-a-Velha, situata in apropiere, care era inundata frecvent de apele raului Mondego. Manastirea a fost construita in secolele al XVII-lea si al XVIII-lea si este clasificata ca monument national. Manastirea Santa Clara din Coimbra a fost fondata in secolul al XIV-lea in apropierea raului Mondego de catre regina Elisabeta, sotia regelui Dinis I. Regina a fost foarte admirata pentru natura ei pioasa si generoasa, si a fost canonizata in secolul XVII.

De-a lungul secolelor, cladirile bisericesti si monahale ale manastirii vechi au fost inundate in mod repetat de catre raul Mondego. In secolul al XVII-lea, sub domnia regelui Ioan IV, s-a decis ca o noua manastire urma sa fie construita, pentru a adaposti in siguranta comunitatea religioasa. Lucrarile de constructie au inceput in 1649, iar biserica a fost terminata in 1696. Toate maicile, precum si mormintele gotice ale reginei Elisabeta si ale altor printese au fost transferate in noua manastire, Santa Clara-a-Nova.

Proiectul manastirii a fost incredintat lui Joao Turriano tatal, un calugar benedictin si inginer regal, care a conceput ansamblul in stilul manierist portughez simplu al secolului al XVII-lea. Lucrarile de constructie au fost conduse de arhitectul regal Mateus do Couto. Biserica, sfintita in 1696, are o forma dreptunghiulara, are un singur naos-absida si nu are transept. Interiorul este luminat de o serie de ferestre (lucarne), situate la etajul al doilea al navei. Capelele laterale si capela principala adapostesc un total de 14 piese de altar din lemn aurit (talha dourada), in stilul de la sfarsitul secolului al XVII-lea. Altarul principal, in special, este un exemplu remarcabil pentru asa-numitul stil "national" (Estilo Nacional). Acest altar cuprinde mormantul reginei Sf. Elisabeta, fondatoarea manastirii, facut din argint si din cristal, in anul 1614 de catre artizanii Domingos Lopes si Manuel Moreira. Statuia reginei Elisabeta este o lucrare din secolul al XIX-lea a sculptorului Antonio Teixeira Lopes.

Portalul principal al bisericii, decorat cu stema regala, este situat la fatada de sud, tipic pentru manastirile feminine din Portugalia. Poarta manastirii este o lucrare baroc tarziu din 1761 atribuita arhitectului maghiar Carlos Mardel. Mardel este, de asemenea, creditat ca proiectant a cel putin o parte cele doua etaje ale manastirii, o capodopera de arhitectura baroca portugheza.