Cu privire la stabilirea identitatii ctitorului Manastirii Runc sunt mai multe opinii care sustin lucruri diferite. Astfel, potrivit unora, pe locul edificiului actual ar fi existat un altul ridicat in timpul domniei lui Stefan cel Mare, ce a fost daramat si, in locul sau, boierul lonascu Isacescu a zidit in 1760 un nou lacas in stil moldovenesc – cel pe care il puteti vedea azi. Potrivit altor opinii, ctitorul manastirii ar fi Stefan cel Mare, iar aceasta ar fi fost ridicata in urma luptei de la Orbie, in jurul anului 1457.

Este o ceritudine insa, ca Manastirea Runc este in prezent un loc in care timpul are alte dimensiuni. Se cunoaste ca pana in anul 1888 manastirea Runc a functionat cu sobor de calugari, iar din acest an a fost desfiintata si afiliata ca biserica de mir la parohia Lipoveni pana in anul 1941, cand se aproba reinfiintarea manastirii. In anul 1959 manastirea este din nou inchisa fiind redeschisa in 1967.

Biserica manastirii are hramul sf. Arhangheli Mihail si Gavril si a fost restaurata si pictata in perioada 1986-1988.