Manastirea lui Isus (Igreja de Jesus) este o cladire istorica, una dintre primele cladiri in stil manuelin. Schiturile din manastire adapostesc muzeul acesteia.

Manastirea lui Isus a fost fondata in jurul anului 1490, in afara zidurilor orasului Setubal, de Justa Rodrigues Pereira, o nobila a curtii regale portughez. Dupa 1491, regele Ioan al II-lea a inceput sa sponsorizeze construirii manastirii, cu a carei constructie l-a insarcinat pe Diogo de Boitaca, un arhitect de origine necunoscuta, posibil francez. Dupa moartea lui Ioan al II-lea in 1495, regele Manuel I a continuat sa sprijine lucrarile de constructie.

Dupa 1495, sub Manuel I, naosul bisericii a fost acoperit cu bolti de piatra, inlocuind plafonul de lemn initial planificat. Se crede ca, in 1510, regele Manuel I a ordonat reconstruirea absidei bisericii, desi acest lucru este in mare parte contestat. Justa Rodrigues Pereira (fondatoarea manastirii) si familia ei au fost ingropati in cripta bisericii situata in capela principala.

In prima jumatate a secolului al 16-lea, Jorge de Lencastre, fiul bastard al regelui Ioan al II-lea si Maestru al Ordinului de Santiago, a donat manastirii o suprafata mare de teren in fata zidului de sud, cunoscuta sub numele de Terreiro de Isus (Piata lui Isus ). El a comandat o cruce eleganta in onoarea patronului manastirii, Isus Hristos, care a fost plasata langa absida bisericii.

Biserica si manastirea au fost grav afectate de marele cutremur din 1755, cutremurele din 1531, 1858, 1909 si 1969 provocand numai pagube minore.

Biserica, construita intre 1490 si 1510, este un monument foarte important de arhitectura portugheza, deoarece este cea mai veche cladire in stil manuelin cunoscuta. Fatada de sud a bisericii, care da spre Piata lui Isus, este fatada principala a cladirii. Privita din piata, biserica combina doua volume distincte: o nava dreptunghiulara si o absida poligonala, mai inalta decat naosul, situata la extremitatea estica a cladirii. Un turn de clopotnita se afla pe partea de vest a fatadei. Peretii si boltile plafonului bisericii sunt sprijinite de o serie de contraforturi in trepte, de-a lungul zidurilor exterioare ale naosului si absidei. Fiecare contrafort este decorat cu statui si varfuri rasucite, in timp ce peretii superiori ai bisericii au creneluri decorative. Portalul principal este situat in mijlocul fatadei de sud si a fost ultima caracteristica a fatadei care urma sa fie construita. Biserica este mai degraba ingusta si include un naos si doua nave laterale de aceeasi inaltime, formand in interior sala bisericii, o caracteristica care va fi gasita in spatiile manueline de mai tarziu (naosul Manastireii Jeronimos din Lisabona). Fiecare pilon al navei sustine un arc ascutit si este compus din trei coloane din granit. Aceste coloane spiralate sunt de asemenea, o tema tipica intalnita in cladirile Manueline construite ulterior (Catedrala Guarda). Capela principala a bisericii are forma patrata. Peretii interiori ai absidei sunt decorati cu placi alb-albastre (azulejos), cu modele geometrice, in timp ce pe peretii laterali sunt infatisate scene din viata Mariei.

Manastirea adiacenta a fost transformata intr-un muzeu de arta si prezinta o colectie de pictori flamanzi si portughezi primitivi din secolele 15 si 16.