Gradina Etnobotanica Oaxaca a fost infiintata in anul 1993, la initiativa Maestrului Francisco Toledo si cu sprijinul unui parteneriat civil incheiat intre autoritatile locale si Consiliul pentru Conservarea si Protectia Patrimoniului Cultural si Natural din Oaxaca. Printr-un decret din data de 10 noiembrie 1994 al guvernatorului local, din fosta manastire Santo Domingo au fost alocate circa 2.3 hectare de teren, urmand ca armata sa dezafecteze zona si sa porneasca lucrarile la actuala gradina. In acelasi timp, autoritatile de stat au creat un trust denumit Banca Nationala a Mexicului, trust ce a stat la baza infiintarii, administrarii si extinderii Gradinii Etnobotanice cu sprijinul sustinut al guvernului, reprezentat de catre Consiliul National pentru Arte si Cultura si sub patronajul Institutului National de Antropologie si Istorie. In anul 2009 trustul a fost desfiintat iar administrarea complexului a fost atribuita Ministerului Culturii.

Gradina este gazda a sute de specii de plante indigene sau din diferite regiuni ale statului din zonele de ses sau tropicale si din zonele montane sau temperate si reci. Astfel, gradina prezinta o mare diversitate de habitate, climate, formatiuni geologice si tipuri de vegetatie caracteristice Mexicului.

Gradina Etnobotanica Oaxaca face parte din Centrul Cultural Santo Domingo, fiind ocupata in vechime de sediul unei unitati militare pana in anul 1994. In vremurile coloniale acest spatiu era folosit in cadrul activitatilor legate de viata vechii manastiri, asa cum pot fi vazute ruinele ce stau marturie: irigare, drenaj, cuptoare de var si un drum asfaltat pentru aprovizionare cu alimente si combustibil.

O sectiune speciala a gradinii este dedicata conservarii si reproducerii unei specii de plante numita Mitla, odata cu sapaturile arheologice efectuate in vecinatatea vechii asezari monahale. Aceasta planta a fost folosita in vechime de catre vanatori, iar denumire i-a fost data dupa zona in care a fost descoperita. In aceeasi zona au fost descoperite semintele unei specii de dovleac veche de aproximativ sapte mii de ani si care constituie cele mai vechi dovezi ale practicarii agriculturii de pe intreg teritoriul Americii.

Vedeta gradinii este planta cu numele de Echinocactus Platyacanthus, sub forma unui butoi imens cu o greutate estimata la aproximativ cinci tone. Specialistii au emis ipoteza conform careia planta se afla acolo de cateva secole in urma, evolutia sa datand de peste o mie de ani.