La sfarsitul secolului al XV-lea genovezii dornici sa-si consolideze pozitia dominanta in partea de sud a insulei Corsica au decis sa reconstruiasca orasul Ajaccio, care decazuse incepand cu secolul al VIII-lea.

Constructia cetatii a inceput in anul 1492, cand vechiul oras este abandonat, din cauza vulnerabilitatii sale crescute la atacurile barbarilor si a epidemiilor din acea vreme. Pentru a realiza planurile noii cetati este trimis de la Genova arhitectul milanez Cristoforo de Gandino.

La inceput a fost construit doar un castel pe stancile Capo di Bollo, iar in anul 1502 au fost construite in jurul acestuia ziduri de aparare. Fortificatiile cetatii se intind astazi in jurul strazilor Forcioli-Conti, San Carlo si Bonaparte.

Incepand din secolele al XVI-lea si al XVII-lea au fost construite mai multe lacase de cult: Catedrala „Notre-Dame-de-l'Assomption” si bisericile Saint-Jean-Baptiste si Saint-Érasme.

La mijlocul secolului al XVII-lea, a fost construita si casa de pe strada St. Charles, casa in care s-a nascut Napoleon Bonaparte.

Cetatea a fost cucerita de catre francezi intre anii 1553-1559, a fost intarita si extinsa, au fost construite bastioane, aceasta luand o forma hexagonala. Orasul a trecut sub jurisdictie franceza in anul 1768, atunci cand a fost cedat de catre genovezi.

Multi istorici considera ca Napoleon mergea la cetate cand era tanar pentru a asista la schimbarea garzii. Acesta a luptat in mai multe randuri ca sa intre in posesia cetatii insa nu a reusit.

Cetatea nu poate fi vizitata de catre turisti, deoarece in momentul de fata aceasta apartine armatei. O plimbare pe bulevardul Danielle Casanova ofera oportunitatea de a privi in ansamblu citadela situata pe malul marii, aceasta amintind de istoria orasului Ajaccio.