Congregatia Sf. Maria poate fi urmarita inapoi pana la Catedrala Sf. Mungo din perioada turbulenta de dinaintea demontarii structurii episcopale a Bisericii Scotiei in 1689.

Atat inainte, cat si dupa aceasta schimbare, inchinarea publica in conformitate cu traditiile episcopale a provocat revolte in oras. Cu toate acestea, episcopii din Glasgow au continuat sa se intalneasca in case private de-a lungul intregului secol XVIII, supravietuind rigorile legilor penale adoptate dupa 1745. In toata aceasta perioada au ramas iacobiti convinsi. Dupa abrogarea legilor penale in 1792, comunitatea s-a extins, si multi ani slujbele au fost oficiate intr-o sala de clasa in Grammar School. In 1825 Capela Episcopala Sf. Maria a fost deschisa in Renfield Street pentru a servi congregatiei in crestere.

Sir George Gilbert Scott, care lucrase ca arhitect pentru Universitate si unul dintre cei mai importanti arhitecti din Marea Britanie, a fost insarcinat cu proiectarea unei noi biserici in Great Western Road. Rezultatul a fost una dintre cele mai bune cladiri gotice din oras, construita de catre cei mai buni mesteri disponibili atunci. Cele mai multe dintre vitralii au fost proiectate de Hardman si Clayton & Bell. Biserica a fost deschisa in 1871, fiind sfintita in 1884. Noua ani mai tarziu, turnul impozant, adaugat turnului initial, a fost in cele din urma finalizat dupa proiectul fiului lui Scott.