Biserica Sf. Pantaleon este o biserica construita in stil romanic-timpuriu in Köln. Biserica dateaza din secolul X si este cea mai veche dintre cele douasprezece biserici romanice din Köln. Biserica fostei manastiri este consacrata Sf. Pantaleon si Sfintilor Cosma si Damian si este cea mai veche biserica de cult a Sf. Pantaleon de la vest de Bizant. Imparateasa Theophanu si arhiepiscopul Bruno cel Mare sunt ingropati in biserica, care contine, de asemenea, altare ale sfintilor Alban, primul martir crestin din Marea Britanie, si Maurinus de Köln. Papa Benedict al XVI-lea a vizitat biserica in 2005.

O vila romana a ocupat initial dealul pe care sta biserica. Resturile aceastei vile sunt inca vizibile in cripta bisericii. Vila a fost inlocuita cu o biserica in jurul anului de 870, iar 955, arhiepiscopul Bruno cel Mare (fratele imparatului Otto cel Mare) a adaugat o manastire benedictina. Aici a fost ingropat Bruno dupa moartea sa. In anul 966, au fost incepute lucrarile la o noua biserica pentru manastire. Biserica a fost sfintita in anul 980.

Sfanta Imparateasa Romana Theophanu, o printesa bizantina care a fost casatorita cu imparatul Otto al II-lea, a ordonat in 972 construirea fatadei actuale si dupa ce a murit a fost ingropata in biserica, la cererea ei.

Incepand cu anul 1618, cladirea a fost remodelata in mai multe etape intr-o biserica in stil baroc. Manastirea a fost dizolvata dupa ce Köln a fost ocupat de fortele revolutionare franceze in 1794. Biserica a servit apoi ca grajduri pentru cai, si dupa ce orasul Köln a devenit prusac in 1815, ca o biserica protestanta pentru garnizoana. Un stalp de telegraf a fost instalat pe acoperisul bisericii pentru a permite comunicarea rapida intre Köln si capitala Prusiei, Berlin.

Intre anii 1890 - 1892 cladirea a fost restaurata si in 1922 biserica a devenit catolica. In timpul celui de-al Doilea Razboi Mondial, acoperisul, parti ale peretilor exteriori si o mare parte a interiorului au fost distruse, fiind restaurate dupa razboi. In timpul acestei restaurari, 1955-1962, a fost efectuat un sondaj arheologic. In jurul anilor 1956-1957, au fost montate clopote noi, iar in 1963 a fost instalata o orga noua.

Plafonul naosului a fost proiectat si realizat de artistul Dieter Hartmann. Plafonul alaturat a fost realizat de artistul Gerhard Kadow in 1966, si descrie Ierusalimul ceresc.

Papa Benedict al XVI-lea a vizitat biserica la 19 august 2005, in timpul Zilei Mondiale a Tineretului 2005, si s-a adresat uni grup de seminaristi. La 10 august 2006, Cardinalul Joachim Meisner a binecuvantat o capela noua in biserica, dedicata Sfantului Josemaria Escriva, fondatorul Opus Dei.

Din secolul X biserica are un altar inchinat lui Saint Alban. Ramasitele lui Saint Alban au ajuns in biserica, probabil dupa dizolvarea manastirilor din secolul XVI din Anglia de catre Regele Henric al VIII-lea. In 2002, un guler din os, una dintre relicvele din altar, a fost mutat la Catedrala St. Albans in St. Albans, Anglia, si depus in altarul de acolo.

Un altar mai modern, finalizat in 2006, se afla in culoarul de nord. Acesta este dedicat lui Josemaria Escriva, fondatorul miscarii Opus Dei. Altarul a fost oficial hirotonit in 2006 de catre Cardinalul Joachim Meisner de Köln.