Biserica Sf. Catherina a fost fondata de catre regele Cazimir cel Mare. Constructia bisericii, inceputa in 1343, nu a fost din pacate niciodata terminata. Motivul: episcopul Bodzanta a cerut excomunicarea regelui Cazimir cel Mare acunzandu-l ca duce o viata desfranata.

Episcopul i-a transmis regelui Cazimir cel Mare faptul ca doreste sa fie excomunicat prin intermediul vicarului sau Marcin Baryczka. Agasat, regele a dat ordin ca mesagerul sa fie inecat. Prin construirea bisericii Sf. Catherina regele spera ca-si va ispasi pacatele.

In realitate, conflictul dintre rege si episcop era mult mai grav. Ambasada pe langa papa Clement al VI-lea, in 1350, a permis retragerea excomunicarii, dar cu pretul construirii mai multor biserici. Constructia bisericii a fost inceputa rapid, dar in 1443, din cauza unui cutremur, bolta bisericii s-a distrus.

Dar acest dezastru nu a fost decat primul dintr-o lunga serie. In anul 1500, Biserica Sf. Catherina a fost reconstruita in intregime dar a fost afectata de alte cataclisme: o inundatie in 1534 si un incendiu in 1556. Un secol mai tarziu, in timpul invaziei suedeze, biserica a adapostit un spital de campanie si un depozit de munitie.

In decembrie 1786 in Cracovia a avut loc un nou cutremur si, din nou, este afectata Biserica Sf. Catherina. A fost inchisa definitv de catre austrieci in anul 1796 fiind folosita pe post de depozit de arme. Cand bolta, fragilizata de cataclismele prin care a trecut, a cazut intr-un final in 1826 s-a vorbit despre demolarea bisericii. Totusi, Augustinii au reusit sa stranga fondurile necesare restaurarii acesteia, restaurare inceputa la jumatatea secolului al XIX-lea si continuata cu intreruperi pana in zilele noastre.

In ciuda tuturor acestor "peripetii" biserica si-a pastrat nobilul sau aspect gotic. Doar mormantul lui Spytek Jordan in stil Renascentist tardiv si altarul baroc contrasteaza cu sobrietatea decorului. Capela Sf. Monica, a carei bolta se sprijina pe un singur palier octogonal, serveste drept oratoriu Augustinilor care isi au manastirea de cealalta parte a strazii Skaleczna.