Biserica actuala este a treia cladire construita pe acest loc. Prima, din lemn, a fost construita in secolul al XIV-lea. Aceasta se afla in mijlocul cartierului evreiesc, in vecinatatea sinagogii si a mikvah-ului. Biserica din lemn a ars in anul 1407 in timpul miscarilor contra evreilor. Regele Ladislas Jagellon a finantat reconstructia sa, incredintand-o apoi Academiei din Cracovia. Biserica isi pastreaza si acum statutul sau academic.

In secolul al XVII-lea, profesorii de la Universitate, cu sprijinul lui Ioan Sobieski, care a studiat acolo, au decis sa edifice o noua biserica, care sa corespunda gusturilor epocii. Datorita proiectului arhitectului Tylman de Gameren s-a construit in Polonia unul din cele mai frumoase edificii in stil baroc. Acest edificiu este inspirat din templul roman din San Andrea della Valle. Fatada larga a bisericii asigura o expunere oblica, foarte dificil de realizat in perspectiva unei stradute stramte. Aceasta este decorata cu figurile Sfintilor Cazimir si Florian in partea superioara si cu figurile lui Bernard de Clairvaux si Jan Kanty in partea infeioara.

Bogatul decor al celor trei naosuri din biserica este extrem de impresionant. Sculpturile maestrului Italian Baltazar Fontana si tablourile pictate de compatriotii sai, fratii Monti si un suedez Karol Dankwart par sa traiasca din propria lor viata. Altarul principal al bisericii este decorat cu o pictura a Fecioarei cu copilul, in compania Sfantei Ana.

Pictura care o reprezinta pe Sf. Ana este lucrarea pictorului Jerzy Siemiginowski-Eleuter, care era un pictor de la curtea regelui Ioan al III –lea Sobieski. Picturile din capele, care prezinta scene din viata acestei sfinte, au fost realizate in secolul al XVIII-lea de Szymon Czechowicz. Aici mai exista un altar, “Adorarea Sfintei Cruci" si tot aici se afla si mormantul lui Ioan Cantius, care este patronul spiritual al universitatii.