Biserica Sao Roque din Lisabona a fost prima biserica iezuita din lumea portugheza, si una dintre primele biserici iezuite din lume. Dupa cutremurul din 1755, biserica si resedintele sale auxiliare au fost donate catre Santa Casa da Misericordia de Lisboa (Casa de Caritate din Lisabona), pentru a inlocui biserica lor, si sediul, care au fost distruse.

Igreja de Sao Roque a fost una dintre putinele cladiri din Lisabona care a supravietuit cutremurului, relativ neatinsa. Atunci cand a fost construita in secolul al XVI-lea fost prima biserica iezuita conceputa in stilul "biserica-auditorium", stil specific pentru predicare. Aceasta contine cateva capele, cele mai multe in stilul baroc de la inceputul secolului al XVII-lea . Cea mai deosebita Capela, este cea din secolul XVIII-lea a Sf. Ioan Botezatorul (Capela de São Joao Baptista), un proiect de Nicola Salvi si Luigi Vanvitelli, construita in Roma din mai multe pietre pretioase, demontata, transportata si reconstruita apoi in Sao Roque - a fost cea mai scumpa capela din Europa la acel moment.

In 1540, dupa infiintarea Ordinului lui Isus in 1530, regele Ioan al III-lea (1521-1557), i-a invitat pe iezuiti sa vina la Lisabona, primii dintre acestia ajungand chiar in acelasi an. Iezuitii s-au stabilit mai intai in Spitalul de Todos-os-Santos (acum distrus), pe partea de est a pietei Rossio, si mai tarziu, in Colegiul de Sao Antao (locul unde Spitalul de Sao Jose se afla in prezent). Dupa putin timp, iezuitii au inceput sa caute o locatie mai mare si permanenta pentru biserica lor principala, si au ales pentru aceasta altarul Sf. Roch. Dupa negocieri prelungite Ioan al III-lea a hotarat renuntarea la altar in favoarea iezuitilor. Acordul cu Fratia a inclus crearea unei capele noi si pastrarea Sf. Roch ca sfantul patron al noii biserici. Societatea lui Isus a intrat in posesia altarului la 01 octombrie 1553 in cadrul unei ceremonii la care Fr. Francisco de Borja, (Sf. Francis Borgia, 1510-1572), a tinut predica.

Micul altar s-a dovedit insa insuficient pentru iezuiti, care au inceput imediat planificarea construirii unei biserici noi. Regele a vrut o cladire noua monumentala, cu trei nave, dar Societatea a favorizat un plan care era in conformitate cu principiile enuntate de catre Consiliul de la Trent, subliniind simplitatea si functionalitatea. Prima piatra de temelie a fost pusa in 1555, dar cladirea a fost reproiectata si extinsa (atingand versiunea actuala), in 1565. Arhitectul regal, Alfonso Alvares (1557-1575), pare sa fi supravegheat lucrarile in perioada 1566 - 1575, pana la nivelul cornisei interioare. Lucrarea a fost continuata de catre nepotul sau, Baltasar Alvares, arhitect regal. Cladirea a fost completata de Filippo Terzi, arhitectul regal al regeleui Filip al II-lea al Spaniei (acelasi cu regele Filip I al Portugaliei, 1580-1598). Terzi a adus modificari fatadei exterioare, tavanului, acoperisului si finisajelor interioare.

In 1759 iezuitii - implicati intr-o revolta a nobilimii impotriva regelui Jose I si prim-ministrului, Marquês de Pombal - au fost expulzati de pe teritoriul portughez de Pombal si Igreja de São Roque a fost confiscata, impreuna cu resedintele si cladirile anexate. Noua ani mai tarziu, prin Carta Regala din 8 februarie 1768, proprietatea a intrat in posesia Santa Casa da Misericordia.

Biserica continua sa functioneze, si o parte a resedintei iezuite a fost transformata spre sfarsitul secolului al 19-lea intr-un muzeu (Museu de São Roque).