Istoria bisericii Santa Maria Assunta este legata de cea a manastirii benedictine Santa Maria, care, conform traditiei nedocumentate, ar fi fost ridicata cu ocazia obtinerii icoanei bizantine a Fecioarei Maria, venerata pana astazi in biserica. Cu toate acestea, manastirea a fost fondata mai probabil in a doua jumatate a secolului al X-lea, prima mentiune documentara a acesteia fiind gasita intr-un manuscris de la sfarsitul secolului XI, cand Ducele Sergio di Sorrento a acordat staretului Manastirii Santa Maria dreptul la libera navigatie in apele ducatului sau.

Manastirea s-a bucurat de un mare prestigiu pana la mijlocul secolului al XV-lea, cand ultimul staret benedictin, Antonio Acciappaccia si calugarii sai, probabil speriati de raidurile de jaf ale Cilentenilor, au parasit manastirea. Dupa cativa ani a fost incredintata staretului Nicola Miroballi ales Arhiepiscop de Amalfi. Printre staretii care au condus abatia se numara si Cardinalul Vincenzo Maria Orsini, care mai tarziu a devenit Papa Benedict al XIII-lea.

Manastirea a cazut treptat in ruina, in ciuda cererilor repetate de renovare facute de catre arhiepiscopii de Amalfi. In 1777, ultimul staret al bisericii, Liborio Marra, a fost respins de catre clerul local, care a inceput restaurarea templului. Lucrarile au durat aproximativ cinci ani, iar la 10 august 1783 Arhiepiscopul Antonio Puoti a sfintit biserica in totalitate renovata.