Biserica San Marco este situata in Via del Carmine, in satul ocupat de negustorii venetieni. Dateaza din secolul al XI-lea, si traditia spune ca a fost construita pentru a sarbatori eliberarea orasului Bari de asediul sarazinilor, care a avut loc intre 1002-1003, cu ajutorul flotei venetiene comandata de catre Dogele Orseolo Pietro al II-lea.

În a doua jumatate a secolului al XVII-lea, biserica a fost ocupata de Fratia Sfantului Antonie, si mai târziu, de catre franciscanii din Sanctuarul della Madonna del Pozzo di Capurso.

Construita pe structuri existente anterior, biserica este in stil romanic. Frontonul este caracterizat printr-un portal frumos arcuit, care invoca elemente ale bisericii San Gregorio, si are in centru leul Sfantului Marco. Interiorul are un singur spatiu si o sacristie, fiind impartit in doua zone de arcade sprijinite pe piloni. Se pare ca se poate intrevedea ca a fost o parte din structura unei biserici cu trei nave, care a pierdut probabil nava stanga in timpul renovarilor din secolele XVII si XVIII.

În spatele cladirii, iesind prin sacristie, se poate admira o frumoasa lucrare reprezentand pe Madonna del Pozzo intre San Antonio si San Marco.