Biserica San José, situata in Vechiul San Juan, in sectiunea istorica coloniala a capitalei Puerto Rico, este una dintre primele lucrari semnificative ale arhitecturii de pe insula. Biserica este una dintre cele mai vechi exemple de cladiri inca functionale din emisfera vestica a arhitecturii gotice spaniole din secolul al XVI-lea.

Biserica a fost construita in perioada 1532-1735 prin Ordin Dominican. Aceasta a fost redenumita de catre iezuitii care au preluat manastirea in 1865. Juan Ponce de León, primul guvernator al Puerto Rico, a fost inmormantat in cripta bisericii in perioada 1559-1836, dupa care ramasitele sale au fost exhumate si ulterior transferate la Catedrala San Juan Bautista.

In anul 1972, pictura Fecioarei de la Betleem din secolul al XV-lea a disparut din biserica. In anul 2002, a inceput un proiect de restaurare si mai multe picturi murale au fost descoperite, inclusiv o descriere a bataliei de la Lepanto de la mijlocul secolului al XIX-lea.