Biserica San Francesco este situata in orasul Pisa, Italia, fiind datata in 1233. Aceasta biserica contine multe capele private, care apartin familiilor nobile din Pisa. Biserica ii este dedicata Sf. Francisc de Assisi.

Basilica di San Francesco este o biserica construita pe doua nivele. Partea de jos a fost finalizata in 1230, dupa ce corpul Sfantului Francisc de Assisi a fost mutat de la San Giorgio si ingropat sub altarul mare. Ambele nivele au fost sfintite de catre Papa Inocentiu al IV-lea in 1253. Nivelul de jos, care contine mormantul sfantului este relativ auster, in comparatie cu partea de sus, care este o splendida constructie gotica. Mormantul de sub altarul mare care contine corpul sfantului a fost "redescoperit" in 1818. Scheletul lui era aproape intact la 600 ani de la moartea sa. Atunci, s-a decis ca Bazilica Sf. Francisc ar trebui sa aiba un mormant mare, corespunzator pentru adapostirea moastelor sfinte intacte.

Fatada bisericii dateaza in 1603 si este construita din marmura. Interiorul bisericii este decorat cu fresce atribuite lui Spinello Aretino. De remarcat sunt mormintele gazduite in biserica, inclusiv cel al contelui Ugolino della Gherardesca, care este ingropat aici cu copiii si nepotii lui.

In 1863, biserica si manastirea San Francesco au fost profanate si folosite ca o cazarma militara. La 7 iulie 1866 biserica a fost transformata intr-un depozit al companiei Royal. La data de 4 martie 1875 Primaria din Pisa a reusit sa obtina exproprierea mai multor proprietati detinute de compania Royal, inclusiv fosta biserica San Francesco. La data de 15 iunie 1899 municipalitatea din Pisa a stabilit folosirea bisericii ca lacas de cult.

In 1901, gratie unor masuri economice substantiale luate de un comitet al cetatenilor din orasul Pisa, biserica a fost renovata. In plus, comitetului cetatenilor a reconstruit ferestrele bisericii, in functie de noile modele si decoratiuni ale lui Galileo Chini si Mossmeyer Francesco Quentin.

Biserica San Francesco gazduieste in prezent ordinul calugarilor  Minor Friars.