Constructia originala a acestei biserici se datoreaza calugarilor Mercedarios in 1762. Ulterior aceasta biserica a fost demolata pentru a fi reconstruita o alta in aceeasi secol, sub indrumarile maestrului Somarriba Pascual. Azi, Biserica Milostivirii (Iglesia de la Merced) este una dintre cele mai reprezentative din Leon.

Arhitectura bisericii actuale este predominant baroca, dar prezinta manifestari de neoclasic si coloniale vizibile in frontispiciul ei. Turnul Bisericii a fost reconstruit in secolul al XIX-lea. Biserica este construita predominant baroc, insa, anumite elemente in relief, ca medalioanele fatadei principale, reflecta eventualele influente ale arhitecturii mexicana si din Guatemala, dupa cum reiese din ferestrele de tip Antigua situate pe partea de sus a fatadei Peretii sunt din piatra de cariera si caramida.