Construita intre secolele X-XI, Biserica Baptista Sf. Ioan reprezinta tipul de tranzitie de la basilica crestina timpurie la cea medievala in forma de cruce.

Una dintre cele mai bine conservate biserici ale orasului Nessebar, dispune de un dom in forma de cruce, sprijinit de patru stalpi mavisi, constructia fiind realizata din mortar si caramida bruta, neslefuita sau lacuita. Intinzandu-se de-a lungul a 2 m si avand 10 m latime, cladirea prezinta si doua bolti cilindrice care se intersecteaza la mijlocul constructiei.

Masoneria consta din caramida zdrobita si pietricele, in timp ce fatadele au fost usor tencuite. De asemenea, exteriorul bisericii este destul de simplu, lipsit de nise decorative sau placi de ceramica, caramizile fiind utilizate ca element decorativ doar la intrare, in cadrul corniselor zimtate si in jurul ferestrelor.

In interiorul bisericii, altarul beneficiaza de trei abside semicirculare, peretii aici fiind destul de netezi, pronaosul lipsind cu desavarsire. Tot aici se gasesc si cateva fragmente ale frescelor realizate in secolul al XIII-lea, precum si un portret destul de estompat al unui donator al bisericii, agatat pe peretele sudic al cladirii. Pe coloana de sud-est se gaseste un alt portret, destul de semnificativ pentru secolul al XVII-lea, care o infatiseaza pe Sf Marina cum sfarma capul cu ciocanul unui diavol, pe care ulterior l-a scos din mare, protectoarea localnicilor impotriva incursiunilor piratilor asupra Nessebar-ul din secolul al XVII-lea d.H.

Astazi, Biserica Baptista Sf. Ioan gazduieste un mic muzeu de arta.