Cunoscuta si sub numele de Colegiatta de San Isidro, Basilica este un edificiu care dateaza din secolul al XVII-lea, fiind construita in stil baroc. Basilica se afla in apropiere de Plaza Mayor si de Plaza Cascorro. Este opera arhitectului iezuit Pedro Sanchez si a fost construita la cererea imparatesei Maria de Austria. Scopul sau era sa fie Biserica Colegiului Imperial. Basilica de San Iisdro a fost construita si pentru a inlocui o parohie care data din secolul al XVI-lea. Aici au fost transferate si ramasitele lui San Isidro, patronul orasului. Aici se afla si ramasitele sotiei lui San Isidro, Santa Maria Cabeza.

Constructia sa a inceput in anul 1620 si a fost incheiata in anul 1664. Basilica este construita dupa modelul Bisericii d’Il Gesu din Roma. Fatada sa este realizata cu granit de Guadarrama, acelasi care a fost folosit si pentru constructia Palatului Regal.

Basilica a fost remodelata in anul 1768 de catre Ventura Rodriguez care i-a adaugat un prezbiteriu nou si un altar mai mare. Basilica de San Isidro a fost catedrala orasului pana la constructia Catedralei Almdena in anul 1993. A fost distrusa de un incendiu in anul 1936 dar a fost restaurata dupa incheierea Razboiului Civil.

Cele doua turnuri ale Basilicii adapostesc fiecare 4 clopote care dateaza din 1960, 1927 si 1587. Va vor surprinde placut cu siguranta interiroul sau, fatada si imaginile sale religioase.