Avand statut de capitala a Cambodgiei, Phnom Penh dispune si de cel mai mare si mai aglomerat aeroport al tarii – “Aeroportul International Phnom Penh”, situat la doar 7 km vest de centrul orasului, ce beneficiaza de doua terminaluri: unul pentru zboruri internationale si unul pentru cursele interne, si ce face legatura dintre acesta si principalele orase ale Asiei: Bangkok, Kuala Lumpur, Hong Kong, Taipei, Beijing, Shanghai etc. De aici, turistii pot inchiria un taxi, care pentru 5$ sau 7$, le poate asigura transportul pana in centrul orasului, calatoria durand intre 20 – 30 minute.

De asemenea, exista si foarte multe autostrazi nationale ce leaga Phnom Penh de diferite parti ale tarii (de exemplu, Autostrada 1 si 2, conecteaza orasul cu granita vietnameza). Phnom Penh reprezinta si nodul transportului intern, punand la dispozitia vizitatorilor o serie de autobuze ce circula catre fiecare capitala de provincie, inclusiv orase mai indepartate precum Pailin, Samraong, Banlung si Sen Monorom. Insa, cele mai frecvente curse cu autobuzul au loc spre si dinspre orase precum Siem Reap (o calatorie dureaza 6 h, iar pretul unui bilet variaza intre 5 – 10 $), Sihanoukville (o calatorie dureaza intre 3 h – 5 h si costa intre 4,5$ - 10 $), Kampot, Battambang (o calatorie de 4 h costa 5$/persoana) etc.

Desi capitala este amplasata la o distanta de aproximativ 290 km de mare, aceasta reprezinta casa celui mai important port al Cambodgiei, situat pe raul Mekong, si de unde zilnic, la ora 07.30 pleaca un feribot catre orasul Siem Reap, calatorie ce dureaza aproximativ 6 h, pretul biletului ajungand si la 32$/persoana, in special pentru turisti.