San Diego International Airport este situat 3 km (2 mile) nord-vest de orasul San Diego. The Flyer Route 992 circula intre aeroport si centrul orasului San Diego, oprindu-se la Sante Fe pentru conexiuni la trenurile care leaga partea de Nord si San Diego, precum si cu gara Amtrak pentru servicii la nivel national. Autobuzele leaga, de asemenea, aeroportul de San Diego. Timpul de calatorie din aeroport pana in centrul orasului San Diego este in jur de 20 de minute si tariful intr-o directie este de 2.25 $.